Двукратный обладатель Кубка Стэнли Сергей Немчинов назначен на должность спортивного директора ХК «Адмирал», сообщается на официальном сайте приморского клуба.
После завершения карьеры игрока в 2004 году Сергей Немчинов приступил к тренерской работе. Начиная с 2004 работал с молодыми игроками в системе «Нью-Йорк Айлендерс», а затем и ассистентом главного тренера «островитян».
С 11 августа 2006 до 10 сентября 2007 года входил в тренерский штаб сборной России, с которой выиграл бронзовые медали чемпионата мира в Москве (2007). Также входил в тренерский штаб национальной команды на Олимпийских играх в Турине (2006). С 20 июня 2007 года возглавлял молодёжную сборную. Под руководством Немчинова российские хоккеисты — бронзовые призёры чемпионатов мира в Чехии (2008) и Канаде (2009).
С 2009 до 2011 года — главный тренер и генеральный менеджер ХК ЦСКА. В сезоне-2016/2017 — генеральный менеджер клуба ВХЛ «Торпедо» Усть-Каменогорск. В том сезоне казахстанские хоккеисты дошли до финала Кубка братины. Сезон-2018/2019 провёл в Южной Корее, будучи помощником главного тренера.