1994 год. «Спартак» — ЦСКА – 2:2 (4:2 по пенальти)
«Спартак» мог и пропустить этот розыгрыш Кубка России – регламентом была предусмотрена такая санкция за неявку на игру, а годом ранее красно-белые отказались ехать в Грозный. Но времена были такие, что и упрекнуть клуб было не в чем, и дисквалифицировать его не решились. В финале красно-белые были близки к тому, чтобы снять все вопросы ещё в первом тайме, но в итоге голов Ледяхова и Карпина оказалось недостаточно – Радимов и Д. Быстров позволили ЦСКА довести дело до серии одиннадцатиметровых. Годом раньше именно по пенальти «армейцы» уступили «Торпедо». На сей раз состав бьющих у обновлённой Борисом Копейкиным команды был совсем другим, но удача вновь отвернулась от ЦСКА: если год назад для поражения хватило одного промаха, то на сей раз не забили двое – Бушманов и Куприянов.
1995 год. «Динамо» — «Ротор» — 0:0 (8:7 – по пенальти)
Последний завоёванный бело-голубыми трофей датирует 1995 годом, когда в московском финале команда одолела волгоградцев, которые тогда переживали период расцвета – Нидергаус, Веретенников, Есипов. Последний, правда, пропускал финал из-за удаления. Но у «Динамо» потери были куда весомее – Ковтун, Черышев и Терехин по разным причинам не смогли помочь партнёрам, и Константину Бескову пришлось включать в заявку молодых ребят. В первом тайме «Ротор» оправдал статус фаворита, но здорово играл Сметанин. Во второй половине перевес был уже у «Динамо». В итоге основное время завершилось ничьей, а в дополнительное арбитр Синер ошибочно назначил пенальти в ворота динамовцец, но Веретенников его не реализовал. На радостях Подпалый что-то прокричал арбитру и увидел перед собой красную карточку. До конца дополнительного времени бело-голубые продержались в меньшинстве, а серия пенальти получилась по-настоящему эпической. По семь раз подходили игроки обеих команд к «точке» и били безупречно. Но вот восьмая попытка Корниеца стала критической – Сметанин взял пенальти, и через две минуты бело-голубые уже праздновали выигрыш Кубка.
1996 год. «Локомотив» – «Спартак» — 3:2
Один из самых драматичных финалов Кубка России пришёлся на период спартаковской гегемонии в российском футболе. Юрий Сёмин к тому моменту уже начал ковать симпатичную и сильную команду, которая и нанесла красно-белым весомое «трофейное» поражение. Вперёд выходили то одни, то другие. У «Локо» дублем отметился Косолапов, причём второй мяч он провёл с пенальти. У «Спартака» с одиннадцатиметровой отметки отличился Никифоров, ещё один гол провёл Липко. Решающий же гол всего за пять минут до конца встречи красивым обводящим ударом забил Дроздов.
2000 год. «Локомотив» – ЦСКА – 3:2
«Армейцы» неудачно стартовали в чемпионате, однако в полуфинале Кубка России эффектно обыграли «Спартак». Тем не менее «Локомотив» победить им не удалось. Матч получился скандальным. Уже на 12-й минуте арбитр Николай Левников удалил с поля защитника ЦСКА Максима Бокова, и после игры президент красно-синих Шахруди Дадаханов назвал его судейство безобразным, заявив, что против его команды ведётся спланированная акция. При этом именно «армейцы» открыли счёт в матче. Однако «Локо» сумел его сравнять, и матч перетёк в дополнительное время, где сильнее оказались подопечные Юрия Сёмина. На их два гола ЦСКА ответил лишь одним.
2008 год. ЦСКА – «Амкар» – 2:2 (4:1 по пенальти)
После трёх проигранных финалов в 2000-е ЦСКА стал, напротив, непобедим в решающих матчах за трофей. Сначала красно-синие завоевали Кубок, одолев «Зенит», затем «Химки» и в 2006-м разгромив «Спартак». В 2008-м неважно стартовавшим в чемпионате «армейцам» противостоял крепкий «Амкар». Первый тайм закончился вничью, а затем номинальные гости, забив два мяча, взорвали ситуацию на поле. До конца матча оставалось 25 минут, и казалось, что Кубок страны уедет в Пермь. Однако подопечные Валерия Газзаева сумели собраться и в итоге отыграли два мяча. В основное и дополнительное время зрители больше голов не увидели, а в серии пенальти намного увереннее смотрелись москвичи. Любопытно, что у «Амкара» свои попытки не реализовали лидеры пермяков, которые отметились голами в основное время – Дринчич и Дуймович.