20 февраля 2001 года в ЦСКА сменился владелец, новыми акционерами клуба стали компания «АВО-Капитал», Министерство обороны РФ и английская фирма Blue Castle Enterprises Limited, а Евгений Гинер стал президентом ЦСКА. Спустя неделю новый руководитель армейского клуба обнародовал свою программу, важными пунктами которой стали строительство нового стадиона на Песчаной улице и выход клуба на самоокупаемость.
18 июля 2001 года в составе ЦСКА дебютировал Элвер Рахимич, единственный футболист первой трансферной волны, который играет за армейцев до сих пор. Боснийский футболист перешёл из махачкалинского «Анжи», и президент ЦСКА намерен оставить Элвера по окончании карьеры работать в клубе.
20 февраля 2001 года в ЦСКА сменился владелец, новыми акционерами клуба стали компания «АВО-Капитал», Министерство обороны РФ и английская фирма Blue Castle Enterprises Limited, а Евгений Гинер стал президентом ЦСКА. Спустя неделю новый руководитель армейского клуба обнародовал свою программу, важными пунктами которой стали строительство нового стадиона на Песчаной улице и выход клуба на самоокупаемость.
18 августа 2001 года в матче «Анжи» — ЦСКА при столкновении с форвардом хозяев Будуном Будуновым получил серьёзную травму армейский вратарь Сергей Перхун. Поначалу казалось, что ничего серьёзного не произошло, но по дороге в аэропорт вратарь впал в кому и 28 августа скончался в московском институте нейрохирургии имени Бурденко. На территории нового стадиона ЦСКА, который находится в процессе строительства, планируется поставить памятник вратарю.
1 декабря 2001 года скончался Павел Садырин, именно под его руководством команда провела свой первый сезон при Гинере. Именно при Садырине ЦСКА сделал золотой дубль в 1991 году, выиграв последние чемпионат и Кубок Советского Союза. Тренер серьёзно болел, но всё же довёл чемпионат до конца. Вместо Садырина главным тренером ЦСКА стал Валерий Газзаев.
12 мая 2002 года ЦСКА выиграл свой первый трофей в российской истории, голы Андрея Соломатина и Игоря Яновского принесли армейцам победу в финале Кубка России над «Зенитом».
21 ноября 2002 года ЦСКА проиграл в «золотом матче» «Локомотиву» со счётом 0:1 и упустил шанс стать чемпионом страны. Единственный гол в матче на шестой минуте забил Дмитрий Лоськов.
31 мая 2003 года свой первый матч в Премьер-Лиге сыграл Игорь Акинфеев, в своём дебютном матче юный голкипер отразил пенальти от Андрея Каряки. С тех пор, несмотря на наличие в команде талантливого Мандрыкина, пост в воротах красно-синих оказался прочно занят. Воспитанник армейской футбольной школы стал основным вратарём национальной сборной и является капитаном ЦСКА.
6 августа 2003 года ЦСКА сыграл в гостях с «Вардаром» 1:1, но этого результата оказалось недостаточно для прохождения в следующий раунд Лиги чемпионов. В Москве ЦСКА проиграл 1:2, и долго ещё над армейцами шутили, что они проиграли команде, чей бюджет меньше, чем сумма, потраченная на приобретение хорвата Ивицы Олича, купленного буквально накануне игр с македонским клубом, но не успевшего попасть в еврокубковую заявку.
25 октября 2003 года ЦСКА обыграл дома «Ротор» и впервые в российской истории стал чемпионом страны. Случилось это за тур до окончания первенства. В последнем туре, играя не самым сильнейшим составом, армейцы уступили «Рубину», которому победа была нужна для завоевания бронзы. Этот матч вызвал у болельщиков немало вопросов, и принято считать, что красно-синие в той игре не выкладывались на сто процентов. А по окончании сезона был оправлен в отставку Валерий Газзаев, впрочем, он оставался работать в клубе и уже летом следующего года вернулся на пост главного тренера.
26 декабря 2003 года Гинер становится президентом РФПЛ, фактически сменив на этом посту Виталия Мутко. Президент ЦСКА руководил Лигой год, а 24 января 2006-го снова был избран на этот пост и пробыл на нём ещё 365 дней. Евгений Леннорович не избежал обвинений в протекционизме, в 2006 году красно-синие стали чемпионами в третий раз, а руководителя армейского клуба обвиняли в применении административного ресурса во благо своего клуба. При Гинере Лига впервые подписала контракты с солидными спонсорами и стала получать какие-то деньги от продажи телеправ.
12 марта 2004 года первый матч за ЦСКА сыграл защитник Сергей Игнашевич, на тот момент считавшийся самым перспективным в стране. Гинера обвиняли в том, что он начал вести переговоры с футболистом за год до истечения у того срока контракта с «Локомотивом» и попросту переманил футболиста большими «подъёмными». Игнашевич оправдал авансы и действительно стал лучшим защитником в стране, он защищает цвета ЦСКА до сих пор.
26 декабря 2003 года Гинер становится президентом РФПЛ, фактически сменив на этом посту Виталия Мутко. Президент ЦСКА руководил Лигой год, а 24 января 2006 снова был избран на этот пост и пробыл на нём ещё 365 дней. Евгений Леннорович не избежал обвинений в протекционизме, в 2006 году красно-синие стали чемпионами в третий раз, а руководителя армейского клуба обвиняли в применении административного ресурса во благо своего клуба.
18 марта 2004 года было объявлено о подписании трёхлетнего спонсорского соглашения между ЦСКА и «Сибнефтью» на сумму 54 миллиона долларов (18 миллионов в год). Это был рекордный договор подобного рода в России и один из самых крупных в Европе. Считалось, что таким образом команде решил помочь Роман Абрамович, с которым Гинер дружит и которого частенько называли истинным владельцем ЦСКА, поскольку реальные хозяева ЦСКА тщательно засекречены и сам Евгений Леннорович никогда их не называл. На спонсорские деньги были куплены Осмар Феррейра, Даниэль Карвальо, Юрий Жирков и Чиди Одиа, причём бразилец стал одним из главных творцов победы в Кубке УЕФА, а россиянин, забракованный «Спартаком», дорос до основного игрока сборной России и позже был продан в «Челси» за серьёзные деньги. Чуть раньше в лондонский клуб отправился Иржи Ярошик, также за неплохую сумму. Позже ЦСКА будет сотрудничать с такими конторами, как ВТБ, «Аэрофлот» и «Башнефть».
7 декабря 2004 года хет-трик Сергея Семака в матче последнего тура группового этапа Лиги чемпионов принёс ЦСКА победу в Париже над ПСЖ, но для выхода в плей-офф этого оказалось недостаточно. «Порту» выиграл у немотивированного «Челси» и на одно очко обошёл армейцев, которые стали третьими в группе и отправились в Кубок УЕФА. А Семак вскоре перешёл в ПСЖ, этот трансфер позволил Гинеру и Газзаеву безболезненно и торжественно проводить из команды её многолетнего капитана и любимца болельщиков.
18 мая 2005 года ЦСКА победил в Лиссабоне «Спортинг» и стал первым российским клубом, победившим в еврокубковом соревновании. Армейцы уступали в счёте, но голы Алексея Березуцкого, Жиркова и Вагнера позволили подопечным Валерия Газзаева праздновать победу. 29 мая красно-синие добавили в свою копилку второй Кубок России, а осенью во второй раз стали чемпионами страны. Это, конечно, был самый успешный сезон в истории армейского клуба.
17 октября 2006 года точный удар Даниэля Карвалью принёс ЦСКА домашнюю победу над «Арсеналом» в групповом этапе Лиги чемпионов, в Лондоне армейцы также не проиграют «канонирам» 0:0. Но поражения от «Порту» (дома) и «Гамбурга» (в гостях) поставили крест на надеждах сыграть в плей-офф.
10 ноября 2006 года в газете «Советский спорт» вышла статья Василия Уткина «Игры, которые мы заслужили». В ней автор открыто заявил, что считает матч «Ростов» — ЦСКА (1:2) договорным, после чего между газетой и клубом начались судебные разбирательства. ЦСКА требовал опровержения, но добиться его публикации через суд не сумел. Первое заседание закончилось победой клуба, второе, после поданной апелляции, выиграла газета. В том числе и это породило у болельщиков популярный слоган «Гинер всё купил», который чаще всего сокращают до трёх букв: «ГВК».
18 ноября 2006 года ЦСКА победил во Владивостоке местный «Луч-Энергию» со счётом 4:0 и за тур до финиша чемпионата стал чемпионом второй раз подряд и третий в своей российской истории. В этом же году армейцы обыграли в финале Кубка «Спартак» о счётом 3:0, таким образом красно-синие два года подряд делают «золотой дубль». Стоит заметить, что это был последний успех ЦСКА в российских чемпионатах, в то время как в розыгрыше Кубка России армейцы побеждали в 2008 и 2009 годах.
19 мая 2007 года произошла церемония закладки первого камня нового стадиона ЦСКА, он был заложен на Песчаной улице на месте старого стадиона ЦСКА. На церемонии закладки камня присутствовали мэр Москвы Юрий Лужков и президент ПФК ЦСКА Евгений Гинер. Строительство стадиона началось 9 декабря 2007 года, но затем было приостановлено. Первоначально построить арену планировалось к концу 2008 года, а теперь называется 2013 год. В конце 2010 года клуб выкупил землю у Министерства обороны, таким образом уничтожив последние препятствия на пути к полноценному строительству.
10 января 2008 года ЦСКА опубликовал предварительные итоги очередного финансового года (клуб делает это ежегодно, не разглашая лишь конкретные заработки футболистов), согласно которым 2007 год ЗАО ПФК ЦСКА закончил с положительным балансом. Чистая прибыль клуба составила 82,5 миллиона рублей.
2 июля 2008 года бразильский форвард Жо перешёл из ЦСКА в «Манчестер Сити» за 18 миллионов фунтов, на тот момент это был рекордный трансфер для «горожан». А для армейского клуба, который приобрёл футболиста за 5 миллионов евро, это вторая по значимости сделка в истории, чуть позже клуб выручит 19 миллионов фунтов за Юрия Жиркова.
23 января 2008 года ЦСКА вошёл в Ассоциацию европейских клубов, более расширенную версию G-14.
2 июля 2008 года бразильский форвард Жо перешёл из ЦСКА в «Манчестер Сити» за 18 миллионов фунтов, на тот момент это был рекордный трансфер для «горожан». А для армейского клуба, который приобрёл футболиста за 5 миллионов евро, это вторая по значимости сделка в истории, чуть позже клуб выручит 19 миллионов фунтов за Юрия Жиркова. Стоит заметить, что бразилец в 77 матчах за ЦСКА забил 44 гола. Самое интересное, за «Коринтианс» бразилец в 113 матчах забил всего 18 голов, а покупали его травмированным, в своё первое посещение армейской базы Жо передвигался на костылях.
8 июля 2008 года Евгений Гинер заявил, что по окончании сезона Валерий Газзаев покинет клуб, и это заявление произвело переворот в сознании игроков, которые сразу же разгромили «Спартак» со счётом 5:1 и вообще ударно провели вторую часть чемпионата, но это позволило стать лишь вторыми в первенстве страны. Считалось, что Гинер передумает относительно своего решения, но Газзаев покинул всё же свой пост, после чего в команде началась чехарда, и в 2009 году в клубе сменилось три тренера, пока наконец не наступила некая стабильность с приходом Леонида Слуцкого. Тем не менее в 2009 году ЦСКА стал лишь пятым в чемпионате, оставшись без медалей первенства страны впервые с 2001 года.
1 ноября 2008 года ЦСКА проиграл «Спартаку» со счётом 0:1 и прервал беспроигрышную серию в матчах с самым принципиальным соперником, которая длилась более семи лет.
8 декабря 2009 года ЦСКА выиграл в Турции у «Бешикташа», а в параллельном матче последнего тура группового этапа Лиги чемпионов «МЮ» обыграл «Вольфсбург», в результате чего армейцы впервые в своей истории вышли в плей-офф самого престижного клубного соревнования планеты. И это при том, что Леонид Слуцкий принял команду по ходу группового турнира и в чемпионате у красно-синих дела складывали не очень хорошо. А ещё шли разговоры о возможной продаже клуба бизнесмену Михаилу Прохорову и отставке Гинера, но выход в плей-офф остановил этот процесс.
16 марта 2010 года ЦСКА выиграл в Севилье 2:1 и стал четвертьфиналистом Лиги чемпионов, где уступил будущему победителю турнира «Интеру». Летом в «Ювентус» перешёл Милош Красич, а команду пополнили Сейду Думбия, Зоран Тошич и вернувшийся из аренды Вагнер Лав. В чемпионате России армейцы провели ударную концовку, но сумели занять лишь вторую позицию.